پس از کات سین مقدماتی، شما کنترل شخصیت اصلی داستان یعنی جیکوب لی را در اختیار خواهید داشت و به شما گفته می‌شود که محموله ویژه را در انبار بار بررسی کنید. از کابین کشتی خارج شوید. در یک سالن خواهید بود که آشپزخانه در سمت راست و اتاق خواب‌ها از دو درب در سمت چپ شما هستند. وارد اولین درب شوید و Audio Log #1: Jacob’s Job را از کابینت سمت چپ بردارید.

دوباره هنگامی که کنترل جیکوب در اختیارتان قرار گرفتید، از کابین کشتی خارج شوید و به اولین درب سمت چپ خود در سالن غذاخوری بروید. بازی شما را در باز کردن کابینت‌ها و برداشتن اشیاء راهنمایی می‌کند، و پاداش شما Audio Log #1: Jacob’s Job خواهد بود.

به “سالن غذاخوری” برگردید و به سمت چپ بروید و از درِ انتهای اتاق عبور کنید تا وارد “انبارِ بار” شوید. از پله‌های سمت چپ پایین بروید، سپس مسیر را به سمت راست دنبال کنید و روی جعبه‌هایی که مسیر شما را مسدود کرده‌اند، بروید. از تنها دری که جلوتر از شماست عبور کنید، جیکوب محموله را در طرف دیگر بررسی می‌کند و مطمئن می‌شود که هنوز همه چیز تحت کنترل است.

با این حال، او می‌خواهد مطمئن شود که همه چیز همچنان به آرامی پیش می‌رود. پس به سمت راست رفته و راهرو را به سمت “محفظه بار” دنبال کنید. روی ظرفی که مسیر شما را مسدود کرده بروید، سپس از طرف دیگر پایین بیایید و وارد درِ باز شده شوید. مسیر سمت راست شما به شدت آسیب دیده و نشان می‌دهد که کشتی مشکل دارد. در این مرحله، شما به طور خودکار تروفی The Outer Way را دریافت خواهید کرد.

با استفاده از مسیر پیش رو به “انبارِ بار” برگردید و خم شوید تا دیده نشوید. Jacob سربازان Outer Way را درست جلوتر می‌بیند، بنابراین باید با دنبال کردن مسیر خطی از کانتینرها، از کنار آنها عبور کنید.

پس از رسیدن به انتهای مسیر، به سرعت از پله‌ها بالا بروید و به “سالن غذاخوری” بازگردید. با باز شدن قفل هوا و قرار گرفتن کشتی در فضا، کنترل بازی را بعد از یک میان‌پرده به دست خواهد گرفت. یک سرباز Outer Way از پنجره باز به داخل شلیک می‌کند و شما را مجبور می‌کند تا در امتداد زمین به سمت کابین خلبان بخزید. به سادگی با فشار دادن آنالوگ سمت چپ به سمت جلو بروید و جلوتر وقتی که میله آهنی جلوی شما افتاد، آن را دور بزنید. در آخر هنگامی که به صندلی خود در کابین خلبان رسیدید، یک میان‌پرده می‌بینید و مرحله کامل می‌شود.

دیگر مراحل بازی The Callisto Protocol